В соответствии с Уставом ГАУЗ «Городская поликлиника №6», органами Учреждения являются Наблюдательный совет Учреждения, руководитель Учреждения, а также иные предусмотренные федеральными законами и уставом Учреждения органы (общее собрание (конференция) работников Учреждения и другие).
